Bajo condiciones de lluvia intensa los operadores de trenes tienen la consigna de informar a los reguladores de tráfico que inicia la marcha tipo lluvia, que consiste en conducirlos manualmente para acelerar o frenar durante el recorrido, además de disminuir la velocidad a 35 kilómetros por hora en líneas superficiales y elevadas.
Como medidas preventivas, el personal de limpieza lleva a cabo el aseo del canal cubeta en todas las estaciones e implementa brigadas para las estaciones en tramos elevados y superficiales, ya que son más propensos a que el agua de lluvia ingrese a las instalaciones.
Asimismo, se da mantenimiento a los cárcamos dentro del Metro derivado del problema con encharcamientos en el exterior de las instalaciones. También realizan acciones de desazolve, revisión de rejillas de ventilación y sellado de filtraciones.
En tanto, la Dirección de Transportación supervisa el avance de los trenes en toda la red con el propósito de que el recorrido sea constante, sin que su marcha pueda interferir con otro en las vías o estaciones.
Los protocolos se subdividen principalmente en dos rubros, externos e internos. Los externos son normados por la Secretaría de Protección Civil, el Sistema de Aguas de la Ciudad de México (Sacmex), la Secretaría de Movilidad (Semovi) y las direcciones de Obras de cada delegación.
Mientras que los internos se realizan en coordinación con la Subdirección General de Operación y de Mantenimiento, Protección Civil, así como la Gerencia de Salud y Bienestar Social del STC, que se encargan de transmitir los lineamientos vigentes de la CDMX.