Las cifras publicadas por el Ministerio del Interior muestran que el 61 por ciento de los votantes apoyó el "No", frente al 39 por ciento de los votos por el "Sí".
En el referendo los ciudadanos debían aprobar o rechazar la propuesta de acuerdo de los acreedores a cambio del desembolso de un nuevo rescate su economía.
El 62 por ciento del censo electoral acudió a las urnas este domingo para atender el llamado del primer ministro, Alexis Tspiras, quien había instado a los votantes a oponerse al paquete de ayuda, describiendo como "humillantes" sus condiciones.
Con el "no" confirmado, la intención del gobierno griego es que Tsipras viaje a Europa para que legitimado por el resultado de las urnas, negocie unos mejores términos de rescate.
Sin embargo, la campaña del "sí" enfatizó que el referendo era una consulta sobre la pertenencia de Grecia a la eurozona y líderes europeos advirtieron que rechazar las propuestas resultaría en una salida de Grecia de la eurozona.
Altos funcionarios europeos también habían advertido que un "no" sería visto como un rechazo a las negociaciones con los acreedores.
Y hoy, después de conocer el resultado de la votación, algunos todavía sostienen que la posición de Grecia en la negociación ha empeorado. Pero algunas pocas voces han dicho que se deben reanudar las conversaciones con Grecia.
El gobierno griego dijo que los bancos reabrirán el martes.
Tras la derrota del "Sí", Antonis Samaras , líder del partido conservador de oposición Nueva Democracia, presentó su renuncia.
"No es un mandato contra Europa"
En una alocución televisada el domingo por la noche, Tsipras aseguró que no es un mandanto "contra Europa".
"Hicieron una elección generosa, sin embargo estoy plenamente consciente de que el mandato que me han dado no es un mandato contra Europa, sino un mandato para encontrar una solución sostenible con Europa que nos saque del círculo vicioso de la austeridad", afirmó el mandatario.
"Nuestra principal prioridad será conseguir que los bancos funcionen de nuevo", agregó.
Por su parte, Euclides Tsakalotos, viceministro de Relaciones Exteriores de Grecia, dijo horas antes en televisión local dos factores le permitirán a Grecia conseguir "una solución económicamente viable".
"En primer lugar, el gobierno tiene ahora un nuevo mandato popular, y el segundo, es el más reciente informe (del Fondo Monetario Internacional), que dice que la deuda griega es insostenible".
Grecia había estado bloqueada en las negociaciones con sus acreedores durante meses cuando el gobierno griego convocó inesperadamente un referéndum sobre los términos de la oferta de los acreedores.
Los bancos fueron cerrados y se dio una situación de control de capital, desde el lunes pasado, después de que el Banco Central Europeo se negó a darle a Grecia más fondos de emergencia.
Los retiros en cajeros automáticos fueron limitados a 60 euros por día.
Reacciones
El presidente del Parlamento Europeo, Martin Schulz, dijo que cree que el voto por el "No" en el referendo deja al país en una situación peor para negociar su deuda.
"Este es un día difícil. Es una amplia mayoría en Grecia y la promesa del primer ministro Tsipras al pueblo griego, de que con el "No" la posición de Grecia para negociar un mejor acuerdo será mejor, pero a mis ojos eso no es cierto", afirmó Schulz.
Y añadió que el voto del pueblo griego debe ser respetado, pero advirtió que le toca a Grecia convencer a los 18 estados miembros que es posible renegociar.
Schulz dijo que espera que haya en las próximas horas propuestas significativas desde el gobierno griego porque "si no, estamos entrando en una época muy difícil e incluso dramática".
Por su parte, el gobierno de Francia informó que el presidente François Hollande se reunirá el lunes en París con la mandataria alemana Angela Merkel para evaluar la situación tras el referendo.
Los dos presidentes convocaron además una cumbre de emergencia de la Eurozona el martes.
El ministro de Economía alemán, Sigmar Gabriel, dijo que es inconcebible pensar en nuevas negociaciones sobre las deudas del país, "ya que Grecia quemó los últimos puentes con Europa".
Pero el ministro de Relaciones Exteriores de Italia dijo que es el momento de reanudar las conversaciones sobre un nuevo acuerdo.
En España, el líder del partido contra la austeridad Podemos, Pablo Iglesias, dijo que el resultado es una victoria decisiva para la democracia.
El Grupo de Trabajo del Euro se reunirá el lunes para analizar los resultados del referéndum en Grecia, para transmitir sus conclusiones al Eurogrupo, según informó la agencia Efe, citando fuentes europeas.
El Eurogrupo es el foro informal de los ministros de Finanzas que comparten la moneda única.
Una jornada tranquila
El ministro del Interior, Nikos Vutsis, dijo que el gobierno está "satisfecho" con el transcurso de la jornada en la que la que participó cerca del 60 por ciento de los censados, según informó la agencia de noticias Efe.
Vutsis destacó la tranquilidad con la que se desarrolló el día y destacó que el referendo fue organizado en "en tan sólo seis días".
Las urnas estuvieron abiertas durante 12 horas.